Το Αρχαιολογικό Μουσείο του Μαραθώνα βρίσκεται στο Βρανά Μαραθώνα, σε απαλλοτριωμένη από το ΥΠΠΟ έκταση, η οποία περιλαμβάνει επίσης το προστατευμένο με στέγαστρο νεκροταφείο τύμβων της Μέσης Εποχής του Χαλκού (2000-1600 π.Χ.) και τον λεγόμενο τύμβο των Πλαταιέων του 5ου αι. π.Χ.

Η έκθεση αναπτύσσεται σε πέντε αίθουσες και στο στεγασμένο αίθριο και περιλαμβάνει ευρήματα από τη Νεολιθική έως την ύστερη Ρωμαϊκή περίοδο.